Struktur Organisasi Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Mempawah adalah sebagai berikut :
1. Kepala Badan;
2. Sekretariat, membawahi 2 (dua) Sub Bagian yang terdiri dari :
    a. Sub Bagian Umum dan Aparatur;
    b. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan;
3. Bidang Anggaran dan Penatausahaan, membawahi 3 (tiga) Sub Bidang
    yang terdiri dari:
    a. Sub Bidang Anggaran dan Dana Perimbangan;
    b. Sub Bidang Penatausahaan I;
    c. Sub Bidang Penatausahaan II;
4. Bidang Akuntansi, membawahi 3 (tiga) Sub Bidang yang terdiri dari :
    a. Sub Bidang Akuntansi Pengeluaran;
    b. Sub Bidang Akuntansi Dana Transfer;
    c. Sub Bidang Akuntansi Pelaporan;
5. Bidang Aset, membawahi 3 (tiga) Sub Bidang yang terdiri dari :
    a. Sub Bidang Analisa Kebutuhan dan Inventarisasi;
    b. Sub Bidang Pengamanan dan Pemanfaatan;
    c. Sub Bidang Penghapusan;
6. Unit Pelaksana Teknis Badan (UPTB);
7. Kelompok Jabatan Fungsional;